Dňa 20. 12. 2012 bolo vo veci začaté trestné stíhanie pre pokračujúce prečiny ohovárania a poškodzovania cudzích práv, ako aj pre zločin ohrozenia utajovanej skutočnosti; všetky uvedené prečiny v súbehu so zločinom zneužívania právomoci verejného činiteľa.
Daniel Lipšic reagoval na začatie trestného stíhania vyjadrením, že na prokuratúre zjavne vládnu biele goliere. Tu je vhodné uviesť, že generálna prokuratúra trestné stíhanie nezačala, ani na jeho začatie nedala pokyn. Skutočnosť, že trestné stíhanie začala polícia (nie prokuratúra), bolo známe už z prvých medializovaných správ k tejto veci. Fakt, že generálna prokuratúra nedala na začatie stíhania ani svoj pokyn, potvrdila priamo hovorkyňa generálnej prokuratúry.
Zavádzajúce je aj tvrdenie Daniela Lipšica, že stíhanie súvisí s jeho decembrovým vystúpením proti novele zákona o ochrane obnoviteľných zdrojov. Je nutné podotknúť, že oznamovatelia nemajú žiadny vplyv na začatie trestného stíhania, okrem podania trestného oznámenia. To však podali niekoľko mesiacov pred uvedeným vystúpením Daniela Lipšica v parlamente. Daniel Lipšic pritom nie je podozrivý len v tomto jednom prípade, ale aj v ďalších trestných konaniach.
Daniel Lipšic taktiež prostredníctvom hromadných oznamovacích prostriedkov vyzval (opäť zavádzajúco a ostentatívne) generálnu prokuratúru, aby ho vo veci priamo obvinila. Aj absolvent jedného semestra trestného práva pritom vie, že obvinenie spravidla vznáša orgán, ktorý začal trestné stíhanie. Tým je v tomto prípade polícia, ktorá vedie vyšetrovanie. Dozorujúci prokurátor si síce môže prisvojiť túto právomoc, v praxi sa to však stáva výnimočne. Sme presvedčení, že Daniel Lipšic, ako človek chváliaci sa kvalitným právnickým vzdelaním, si je týchto skutočností dobre vedomý. Opäť tak preto len využil danú príležitosť pre svoju osobnú politickú prezentáciu, vytváranie svojho obrazu spravodlivého martýra, ktorému verejný nepriateľ (Penta) zákerne hádže polená pod nohy.
Na otázku, prečo nebolo Danielovi Lipšicovi vo vyššie uvedenom trestnom konaní súčasne so začatím trestného stíhania vznesené obvinenie, treba uviesť, že je predovšetkým vecou zodpovednosti príslušného vyšetrovateľa, či má zhromaždený dostatok podkladov (dôkazov), aby mohol s potrebnou mierou istoty konštatovať, že skutok spáchala práve tá osoba, ktorej vznáša obvinenie. Kým teda vyšetrovateľ nemá v tomto smere dostatok podkladov, obvinenie nevznáša. Takáto je bežná dlhodobá prax v trestných konaniach vedených v Slovenskej republike podľa platného trestného práva. Ani prihlásenie sa kohokoľvek – hoci aj označeného v trestnom oznámení za podozrivého – k stíhanému skutku nezbavuje orgány činné v trestnom konaní povinnosti, postupovať systematicky, vecne a v súlade s Trestným poriadkom.
Nakoniec toto nie prvý prípad, kedy v trestnom konaní nebolo vznesené obvinenie, hoci je osoba známa. Obvinenia neboli vznesené ani v tzv. kauze Gorila v roku 2010, kedy bolo možné priamo obviniť riaditeľa SIS. K obvineniu nedošlo ani v januári minulého roku, kedy bolo možné obviniť priamo aktérov tzv. spisu Gorila. Je pravdepodobné, že vyšetrovatelia špecializovaného tímu si nedostatky začatia trestného stíhania uvedomujú, keďže postupne začínajú viesť čiastkové trestné stíhania. V dôsledku prílišného politického tlaku bolo podľa nás trestné stíhanie v tzv. kauze Gorila zaťažené viacerými vadami, o ktorých sme už informovali.